Hlavným riadiacim orgánom SÚJV je Výbor splnomocnených zástupcov vlád 18-ich členských štátov. Výbor schvaľuje rozpočet a štatút SÚJV, volí riaditeľa SÚJV.
Poradnými orgánmi Výboru vládnych splnomocnencov sú:
- Vedecká rada SÚJV
- Finančný výbor SÚJV
Poradnými orgánmi Vedeckej rady SÚJV sú:
- Programovo-konzultatívny výbor pre fyziku častíc
- Programovo-konzultatívny výbor pre jadrovú fyziku
- Programovo-konzultatívny výbor pre fyziku kondenzovaných prostredí
Všetky uvedené orgány SÚJV zasadajú spravidla dvakrát do roka.