Holubyho pamätná medaila je udeľovaná od roku 1984 Slovenskou botanickou spoločnosťou osobám, ktoré sa mimoriadnou pôvodnou vedeckou prácou zaslúžili o rozvoj botanických vied.
Medaila sa udeľuje:
a) členom Slovenskej botanickej spoločnosti pri SAV ako ocenenie za publikovanie vynikajúcej vedeckej monografie;
b) domácim alebo zahraničným pracovníkom ako uznanie ich celoživotného diela v oblasti botaniky najmä so zreteľom na ich prínos pre slovenskú botaniku;
c) domácim alebo zahraničným pracovníkom pri príležitosti udeľovania titulu Čestný člen spoločnosti.